Windows起動時に毎回チェックディスクが起動する場合は、以下のレジストリに起動時にチェックディスクを起動するフラグが書かれているのでそのフラグを正常な値に戻せばOK。
「HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager」
の「BootExecute」の値を「autocheck autochk *」に変更する。
参考:「[NT]Win2000:Chkdsk、Autochk、および Chkntfs ツールの拡張」
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